Yuhan Fei, Ph.D.

Yuhan Fei, Ph.D.

Professor, AI-driven drug discovery

个人简介

费宇涵，1992年生于江苏南京，中国药科大学教授，博士生导师，人工智能药物研发课题组独立PI，入选中国药科大学兴药领军学者高层次人才引进计划。2020年毕业于南京农业大学，2018-2020于哈佛医学院Scott Kennedy课题组开展博士联合培养项目，2021-2025年于清华大学张强锋课题组从事博士后研究，2025年正式加入中国药科大学药学院药物化学系，成立人工智能药物研发课题组并担任课题组组长，获得学校高层次人才计划支持。费宇涵博士拥有计算机科学与技术、生物信息学、生物学等多学科专业背景，研究方向聚焦于“人工智能+生物医药”前沿交叉领域，长期致力于人工智能驱动的药物研发及功能验证。

目前，以第一/通讯作者在Nature Biotechnology (2026)、Nature Methods (2022)、Nucleic Acids Research (2025)、Bioinformatics (2018, 2020)、RNA Biology (2021)等期刊上发表论文，并以项目合作者在 Nature (2020)、EMBO Journal (2021)、Genomics, Proteomics & Bioinformatics (2022)、Bioinformatics (2023)、Genetics (2020)等期刊上发表论文。累计发表学术论文十余篇，总影响因子超过240。

课题组简介

中国药科大学坐落于江苏省南京市，是一所教育部直属、国家“211”工程、“985工程优势学科创新平台”、“双一流”建设高校的知名学府。学校办学历史悠久、特色鲜明、学风优良、在国内外药学界享有盛誉。作为一所以药学为特色的多科性、研究型大学，学校建有完备的药学学科体系与一流的创新平台。根据ESI最新排名，其药理学与毒理学学科已进入全球前万分之一，位列全球第13位，亚洲高校第1位，彰显了卓越的学术影响力与国际竞争力。

费宇涵课题组的研究围绕“人工智能+生物医药”这一前沿交叉领域，主要聚焦于癌症、传染病、罕见病等人类重大健康挑战，致力于探索药物研发与疾病治疗的新范式。课题组通过深度结合人工智能、生物信息学、分子和细胞生物学、生物物理学等等多学科手段，构建“干湿结合”的研究体系，以推动疾病精准防治新技术与新方法的开发。主要研究方向包括但不限于：

  1. 靶向RNA的小分子药物的开发;
  2. 线性和环状RNA疫苗的优化;
  3. 多肽和抗体类药物的设计;
  4. 人工智能虚拟细胞的建模及应用

课题组经费分充足，长期招收博士后、博士研究生、硕士研究生、实习生以及科研助理，与清华大学、北京大学、哈佛医学院等建有长期合作关系，优秀者可推荐前往交流学习，欢迎感兴趣的同学加入或来函咨询。

职位和待遇详见: https://yuhan-fei.github.io/year-archive/

联系方式: yuhan_fei@outlook.com OR yuhan.fei@cpu.edu.cn

办公室：中国药科大学江宁校区学院实验楼二期4楼

主持基金

  1. 国家自然科学基金-青年科学基金项目（现青年科学基金项目C类），2022-2025（已结题）
  2. 北京市自然科学基金-面上专项项目，2023-2025（已结题）
  3. 中国博士后科学基金-第69批面上资助，2022-2024（已结题）
  4. 中国药科大学高层次人才引进项目（兴药领军学者），2025-现在

发明专利

  1. 小分子和RNA互作关系的预测方法、系统、存储介质和设备，CN120199320A，2025
  2. 基于越界重置的参数列维化粒子群算法，CN106845629A，2017

论文发表

*: Co-first author, #: Corresponding author

  1. Fei Y *, Wang P *, Zhang J *, Shan X, Cai Z, Ma J, Wang Y #, Zhang Q C #. Predicting small molecule–RNA interactions without RNA tertiary structures. Nature Biotechnology, 2026.
  2. Mu K *, Fei Y *,#, Xu Y, Zhang Q C #. RASP v2.0: an updated atlas for RNA structure probing data. Nucleic Acids Research, 53(D1): D211–D219, 2025.
  3. Zhang J *, Fei Y *, Sun L #, Zhang Q C #. Advances and opportunities in RNA structure experimental determination and computational modeling. Nature Methods, 19(10): 1193–1207, 2022.
  4. Fei Y, Feng J, Wang R, Zhang B, Zhang H, Huang J #. PhasiRNAnalyzer: an integrated analyser for plant phased siRNA. RNA Biology, 18(11): 1622–1629, 2021.
  5. Fei Y, Mao Y, Shen C, Wang R, Zhang H, Huang J #. WPMIAS: Whole-degradome-based Plant MicroRNA-target Interaction Analysis Server. Bioinformatics, 36(6): 1937–1939, 2020.
  6. Fei Y, Wang R, Li H, Liu S, Zhang H, Huang J #. DPMIND: degradome-based plant miRNA-target interaction and network database. Bioinformatics, 34(9): 1618–1620, 2018.
  7. Zhang B, Fei Y, Feng J, Zhu X, Wang R, Xiao H, Zhang H, Huang J #. RiceNCexp: a rice non-coding RNA co-expression atlas based on massive RNA-seq and small-RNA seq data. Journal of Experimental Botany, 73(18): 6068–6077, 2022.
  8. Wan G, Yan J, Fei Y, Pagano D J, Kennedy S #. A Conserved NRDE-2/MTR-4 Complex Mediates Nuclear RNAi in Caenorhabditis elegans Genetics, 216(4): 1071-1085, 2020.
  9. Wang R, Yang Z, Fei Y, Feng J, Zhu H, Huang F, Zhang H, Huang J #. Construction and analysis of degradome-dependent microRNA regulatory networks in soybean. BMC Genomics, 20(1): 534, 2019.
  10. Shi B *, An K *, Wang Y, Fei Y, Guo C, Zhang Q C, Yang Y, Tian X, Kan Q #. RNA structural dynamics modulate EGFR-TKI resistance through controlling YRDC translation in NSCLC cells. Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 21(4): 850–865, 2023.
  11. Feng Z, Feng J, Zhang B, Fei Y, Zhang, H, Huang J #. PhasiHunter: a robust phased siRNA regulatory cascade mining tool based on multiple reference sequences. Bioinformatics, 39(11): btad676, 2023.
  12. Shukla A *, Yan J *, Pagano D J, Dodson A E, Fei Y, Gorham J, Seidman J G, Wickens M, Kennedy S #. poly(UG)-tailed RNAs in genome protection and epigenetic inheritance. Nature, 582(7811): 283–288, 2020.
  13. Wan G #, Bajaj L, Fields B, Dodson A E, Pagano D J, Fei Y, Kennedy S #. ZSP-1 is a Z Granule Surface Protein Required for Z Granule Fluidity and Germline Immortality in C. elegans. EMBO Journal, 40(3): e105612, 2021.

获奖情况

  1. 2023年 清华大学第三届“生命科学、医学、药学”博士后论坛，最佳报告人
  2. 2023年 清华大学第三届“生命科学、医学、药学”博士后论坛，最佳墙报
  3. 2023年 冷泉港亚洲 “RNA疗法的现状与未来”会议，墙报金奖
  4. 2023年 第一批清华-北大联合中心博士后基金，优秀奖
  5. 2021年 第一批清华-北大联合中心博士后基金，杰出奖
  6. 2020年 南京农业大学，优秀毕业论文
  7. 2019年 南京农业大学，优秀毕业生
  8. 2019年 南京农业大学，博士学位论文创新工程，I类
  9. 2018年 南京农业大学，校长奖学金
  10. 2018年 南京农业大学，钟山学子科研之星
  11. 2016年 南京农业大学，优秀志愿者
  12. 2016年 南京农业大学，优秀研究生干部
  13. 2016，2017，2018年 南京农业大学，学业奖学金，一等奖
  14. 2014，2015年 南京农业大学，学业奖学金，一等奖
  15. 2015，2017年，南京农业大学，中期考核优秀

其他任职情况

  1. 2023年-现在 中国生物信息学，人工智能与生命科学专委会，青年委员
  2. 2023年-现在 中国生物信息学，基因组信息学专委会，青年委员
  3. 2015-2016年 南京农业大学，信息科学技术学院（现人工智能学院），研究生会主席